Mange viktige miljøspørsmål skal diskuteres på COP6. For det første skal man bli enige om regelverket for mekanismene under Kyotoavtalen. De tre mekanismene er felles gjennomføring (JI) grønn utviklingsmekanisme (CDM) og kvotehandel.
JI
Felles gjennomføring, eller Joint Implimentation (JI) gjelder for de rike landene (som alle er innenfor Annex 1 gruppen i klimaforhandlingene). Disse har alle en forpliktelse om å redusere, eller begrense veksten i utslippene av klimagassutslippene sine. Gjennom JI kan rike land sette i verk tiltak i andre land ved å støtte spesifikke prosjekter i andre Annex 1 land. Utslippsreduksjonene dette gir kan trekkes fra på klimaregnskapene til det betalende landet. Det er stor debatt om hvordan disse regnskapene skal føres og om land skal få godkjent tiltak som er satt igang før 2000.
CDM
Gjennom denne mekanismen kan de rike landene i Annex 1, sette iverk tiltak i de fattige landene i Annex 2. Det er veldig vanskelig å vite om tiltakene i CDM reduserer tiltakene eller ikke i landene der de gjennomføres, fordi landene i Annex 2 har ikke noen forpliktelser om å redusere eller begrense veksten i klimagassutslippene, de mangler ressurser til å lage klimaregnskap, og kunnskapsnivået om klimatiltak er lavt. Det er mye debatt om hvilke tiltak som kan godkjennes under CDM. Det er foreslått at både støtte til atomkraftverk, rensing av kullkraftutslipp og skogplanting skal godkjennes. Det kan skje at CDM kan åpne for støtte til miljøfiendtlig og forurensende energiproduksjon og skogtiltak
Kvotehandel
Kvotehandelen skal gjelde for landene innen Annex 1. Dette er kjøp og salg av utslippsrettigheter. Det diskuteres hvordan dette systemet skal administreres og organiseres. Det er uenighet om hvor store deler av utslippene som skal inkluderes i systemet. Norge har foreslått at alle utslipp skal inkluderes, mens EU bare vil ha med store punktutslipp. Det er også debatt om når kvotesystemet skal settes i funksjon. Sannsynligvis vil det bli store smutthull i systemet som gjør at de rikeste landene lett kan kjøpe seg fri uten å måtte gjøre så mye i eget land for å få ned utslippene.
Begrensing på bruk av mekanismene
En av de viktigste debattene går på om det skal settes en begrensning på bruk av mekanismene. En slik begrensning vil gjøre det helt nødvendig for de rike landene å sette iverk tiltak hjemme for å få ned utslippene sine. Det står i Kyotoprotokollen at bruk av mekanismene skal være et tillegg til tiltak i hjemlandet for å få ned utslippene. Nå er det mange som mener at et tillegg kan være 99 prosent eller mere.
Skog
Naturlig CO2 opptak i skog, skogplanting, utslippsøkning ved nedleggelse av skog og binding av CO2 i treprodukter er store debattemaer. Dette er et spørsmål som gjelder alle mekanismene. Mange land vil bruke dette til å ødelegge hele Kyotoavtalen. Noen av forslagene som diskuteres vil gjøre det mulig for de fleste land å øke utslippene sine med flere titallsprosent uten å sette iverk et eneste tiltak. Noen mener også at andre internasjonale miljø- avtaler ikke skal holdes ved denne typen tiltak.