Natur og Ungdom består av lokallagene vi har over hele landet. I hvert fylke er det fylkeslag som også har et fylkesstyre. Fylkesstyrene har ansvar for aktiviteten i fylket. Sentralstyret har ansvar for at det politiske og organisatoriske arbeidet i NU gjennomføres.
I Natur og Ungdom arbeider lokallagene med de sakene de selv vil. For å være et lokallag må det være med minst 5 betalende medlemmer under 25 år.
Alle som er med i lokallag av Natur og Ungdom kan være med på å ta de store avgjørelsene. Det skjer på landsmøtet. Lokallaget velger noen representanter som reiser dit.
I hvert fylkeslag skal det være et fylkesstyre. Fylkesstyret består av fylkesledere og to nestledere. Disse sørger for at det blir arrangert seminarer, årsmøter og annen aktivitet i fylket og har det overordnede ansvaret for at fylket synes i media. På fylkesårsmøtene er alle aktive i fylket med på å bestemme hvem som skal sitte i fylkesstyret og hvem som skal være fylkesleder og også representere fylket i landsstyret.
Landsmøtet er det øverste organet i NU. Det blir avholdt hvert år i januar. Hit drar valgte representanter fra hvert lokallag. Hervedtas arbeids- og organisasjonsprogram for NU, budsjett, regnskap, vedtekter og miljøpolitisk plattform som sier hva NU mener i forskjellige saker. I tillegg vedtar landsmøtet uttalelser. Landsmøtet velger sentralstyret for ett år. Valg av landsstyret skjer også formelt sett her. Lederen av NU sitter som leder i landsstyret og sentralstyret.
Landsstyret er det øverste organet i Natur og Ungdom mellom landsmøtene. De har ansvar for revidert budsjett, endringer i politiske prioriteringer og oppfølging av sentralstyrets arbeid. Landsstyret velger redaktør for Putsj, bladet til Natur og Ungdom og ansetter daglig leder og organisasjonssekretær. Landsstyret består av fylkeslederen for hvert fylke og lederen i Natur og Ungdom.
Sentralstyret jobber med nasjonale miljøsaker. Alle i sentralstyret arbeider fra Oslo. Sentralstyret består av 15 personer. Lederen og de to nestlederne sitter i sentralstyret og utgjør arbeidsutvalget. De har ansvar for å forberede møtene i landsstyret og sentralstyret. Vervet som sentralstyremedlem er ikke lønnet.
Natur og Ungdoms sekretariat består av daglig leder, organisasjonssekretær, informasjonssekretær, medlemssekretær, redaksjonssekretær for Putsj, kontorsjef i tillegg til flere faglige stillinger og fem regionssekretærer som jobber for aktivitet i fylkene.
