Oppbygging
Landsmøte
Landsmøtet er Natur og Ungdoms øverste organ. Hver januar møtes valgte representanter fra hvert lokallag og studentlag, for å vedta arbeids- og organisasjonsprogram, budsjett, regnskap, vedtekter og miljøpolitisk plattform for året som kommer. I tillegg vedtar landsmøtet en rekke uttalelser, og velger sentralstyre og arbeidsutvalg for året. Med andre ord bestemmer Landsmøtet hva Natur og Ungdom skal gjøre og mene, og hvem som skal jobbe med å styre organisasjonen. Representanter for lokallag og studentlag har stemmerett i alle saker, og landsstyret har stemmerett i alle saker unntatt regnskap og årsmelding.
Landsstyret
Landsstyret er det øverste organet i Natur og Ungdom mellom landsmøtene. De bestemmer over Natur og Ungdoms budsjett, kan endre politiske prioriteringer og de følger opp sentralstyrets arbeid. Landsstyret ansetter også daglig leder, organisasjonssekretær og redaktør for Natur og Ungdoms miljømagasin Putsj. Landsstyret består av lederen for hvert fylke, og lederen for Natur og Ungdom som også leder landsstyret.
Sentralstyret
Sentralstyret er ansvarlig for at det politiske og organisatoriske arbeidet i Natur og Ungdom gjennomføres. De arbeider med å gjennomføre det Landsmøtet vedtok at Natur og Ungdom skulle jobbe med gjennom året, altså det som står i arbeids- og organisasjonsprogrammet. Mellom landsstyremøtene har sentralstyret makt til å ta avgjørelser i mindre saker. Sentralstyret består av 15 personer som alle arbeider fra Oslo. De jobber frivillig, uten lønn.
Arbeidsutvalget
Lederen og de to nestlederne av Natur og Ungdom sitter i sentralstyret, og utgjør også arbeidsutvalget. Arbeidsutvalget har ansvar for å forberede møtene i sentralstyret og landsstyret, og har mulighet til å bestemme i små saker om det ikke er tid til å rådføre seg med sentralstyret, landsstyret eller landsmøtet.
Sekretariatet
Natur og Ungdom har flere ansatte, som samlet kalles sekretariatet. De drifter organisasjonen og samarbeider med sentralstyret om å gjennomføre Natur og Ungdoms mål. Sekretariatet består av daglig leder, organisasjonssekretær, informasjonssekretær, medlemssekretær, kontor- og medlemssekretær, økonomi- og administrasjonssjef, redaktør for miljømagasinet Putsj, nettredaktør for putsj.no, koordinator og energimedarbeider for Russlandsprosjektet, prosjektkoordinator for Grønt Spatak, studentsekretær og grafisk designer. I tillegg har Natur og Ungdom fem regionssekretærer som jobber for organisatorisk aktivitet i fylkene, og fire kampanjesekretærer (to på Vestlandet og to i Nord-Norge) som jobber for å styrke det politiske og organisatoriske arbeidet i disse regionene.
Fylkesstyret
I hvert fylke er det fylkeslag som også har et fylkesstyre. Fylkesstyrene har ansvar for aktiviteten i fylket. Dette innebærer at det blir arrangert seminarer og arrangementer, årsmøter og annen aktivitet i fylket, og de har det overordnede ansvaret for at fylket synes i media. Fylkesstyrene varierer i antall og vervsammensetning, men felles er at styret må ha en leder. Hvem som skal være leder og representere fylket i landsstyret, samt sitte i resten av fylkesstyret, velges på fylkesårsmøtene, hvor alle aktive i fylket er med på å bestemme.
Lokallagene
Lokallagene har alt i alt mest makt i Natur og Ungdom, da disse er flertallet på våre landsmøter. I tillegg til å være deltakere her, jobber lokallagene kontinuerlig med arbeid på saker de selv velger, og gjerne lokalt. For å være et fungerende lokallag må det bestå av minst fem betalende medlemmer under 25 år.